信息系统集成（Information System Integration，ISI）是指将企业内部或外部多种不同组织、资源、应用系统和技术等集成到一个协作整体中。它是信息系统开发工作内容和质量的关键一步，也是信息系统应用程序开发和实施过程中最复杂、最困难的一个步骤，其实际目标是营造一个能够实现对复杂环境适应能力强、组织体系、应用程序和实现环境的整体的应用程序框架。
信息系统集成是企业信息系统建设的基础。信息系统集成将企业现有应用系统进行横向集成，使各应用系统融为一体，实现数据共享和应用数据的交换，对数据进行集中管理，以提高企业信息系统的性能，提高企业的技术含量，提高企业的整体应用性能和数据处理能力，最终实现企业自身的产品能力和整体信息化水平的提升。
信息系统集成主要包括信息资源整合、应用系统整合和系统软件开发三大模块。信息资源整合主要指企业信息资源的统一管理，原有信息资源、管理结构和业务流程的重新梳理。应用系统整合主要指原有应用系统之间的集成和体系构建，即重新构建统一的信息仓库，通过各应用系统的数据共享和多个应用系统的权限控制，以及建立统一的管理结构，实现企业应用数据信息资源的整合。系统软件开发是指需要联合多个应用软件开发新的软件来实现企业信息共享和应用数据的交换，从而实现信息系统应用程序、各应用模块之间的集成。
信息系统集成也包括企业信息系统安全集成。安全集成是企业应用安全管理的重要组成部分，它针对企业应用系统所涉及的信息资源的安全威胁设计安全防御和应急应对措施，从而有效地抑制信息安全威胁，实现企业信息系统的安全集成。安全集成的实际任务是要分析各种可能的信息安全威胁，采取应急对策，应对不同的信息安全威胁，以期实现企业信息系统的安全管理。
总之，信息系统集成是企业应用系统开发和实施过程中最重要的一个环节，它有助于企业提高技术含量，建立统一的管理结构，增强企业应用数据信息资源的整合 ，实现企业信息共享和应用数据的交换，充分发挥企业应用系统的整体性和可操作性，为企业信息系统的建设奠定基础。
